tout a commencé il y a 100 ans, avec la découverte d'un petit cube.
Il contenait une prophétie issue des civilisations anciennes ainsi que le mode d'utilisation du "cristal divin", aussi appelé "Innocence", une matière aux étranges pouvoirs. c'est grâce à elle que le créateur du cube défit le comte millénaire et ses légions "d'Akuma" (démons), il y a 7000 ans. Mais le monde fut anéanti... C'est le déluge décrit dans l'Ancien Testament...
Pour empêcher le retour des "trois jours de ténèbres", les exorcistes, des "compatibles" choisis par l'inocence elle-même, livrent une bataille sans merci au comte millénaire.